Hirayama travaille à l’entretien des toilettes publiques de Tokyo. Il s’épanouit dans une vie simple, et un quotidien très structuré.
Cependant, un jour, sa routine est perturbée lorsqu'il trouve une caméra perdue dans les toilettes. Curieux, Hirayama décide de regarder les vidéos enregistrées dans l'espoir de trouver des indices sur son propriétaire.
Au fil des vidéos, Hirayama découvre une femme mystérieuse, Miyuki, qui utilise les toilettes publiques comme un lieu de refuge. Intrigué par elle, Hirayama commence à suivre Miyuki discrettement.
Il finit par la rencontrer personnellement et découvre qu'elle est une artiste en quête de solitude et d'inspiration. Les deux commencent à se rapprocher et à partager leur amour pour l'art et la simplicité de la vie quotidienne.
Cependant, leur relation est menacée lorsque Miyuki révèle qu'elle est atteinte d'une maladie grave et qu'elle ne lui reste que peu de temps à vivre. Confrontés à cette cruelle réalité, Hirayama et Miyuki doivent chercher un moyen de vivre pleinement leurs derniers jours ensemble.
Le film explore les thèmes de la fugacité de la vie, de la recherche du bonheur dans la simplicité et de la beauté de l'art. Perfect Days est une histoire émouvante qui rappelle au spectateur l'importance de profiter de chaque instant et de chérir les relations précieuses que nous avons dans nos vies.